宇宙世紀0096年、ラプラスの箱＝宇宙世紀憲章をめぐる事件後から数か月が過ぎたころ地球連邦軍は地球圏外に漂う、分断されたアクシズに調査団を派遣させる。調査団のメンバーには、アルレット・アルマージュとダントン・ハイレッグという二人の民間人も参加していた。彼らはかつて技術者とテストパイロットとして、ジオン公国軍、そしてネオ・ジオンに仕官していたという過去があったのだ。アクシズに潜入した調査団は、誰もいないはずの基地内で強襲を受ける。そしてアルレットとダントンは、想像もしていなかった出来事に遭遇するのだった…。